Theo Quyết định của Hội đồng xét tốt nghiệp năm 2020 họp ngày 31/07/2020, Trường Đại học Việt Nhật có 42 học viên được công nhận học vị và cấp bằng thạc sĩ đợt 2 năm 2020. Do ảnh hưởng của dịch bệnh Covid-19 trong thời gian làm luận văn tốt nghiệp, khâu thu thập số liệu, thực hiện các khảo sát cho đề tài của nhiều học viên bị chậm, gián đoạn nên số học viên còn lại sẽ tiếp tục bảo vệ luận văn vào tháng 8 hoặc tháng 9 của năm 2020.
Hiện nay, Trường Đại học Việt Nhật – với sự hỗ trợ của Chính phủ Nhật Bản và Chính phủ Việt Nam đang vận hành 8 chương trình đào tạo thạc sĩ theo chuẩn chất lượng Nhật Bản. Tính tới năm 2020, Trường đã có 03 khóa đào tạo tốt nghiệp và cung cấp và đóng góp vào thị trường nguồn nhân lực chất lượng cao gần 200 thạc sĩ theo các chuyên ngành: Quản trị kinh doanh, Kĩ thuật môi trường, Kĩ thuật hạ tầng, Chính sách công, Khu vực học, Công nghệ Nano, Biến đổi khí hậu và Phát triển, Lãnh đạo toàn cầu. Cũng trong năm 2020, chương trình thạc sĩ Biến đổi khí hậu và Phát triển có khóa học viên tốt nghiệp đầu tiên.
Theo ý kiến của GS.TSKH Nguyễn Đình Đức – Trưởng ban Đào tạo, ĐHQGHN, giám đốc chương trình đào tạo thạc sĩ Kĩ thuật hạ tầng nhận xét: “Cho đến nay, Trường đã có 3 khóa tốt nghiệp, có thể nói chất lượng các tân thạc sĩ của Trường rất tốt, các em vừa có năng lực ngoại ngữ nổi trội, vừa được đào tạo bài bản, vừa được thực hành, trải nghiệm trong chính quá trình học tập chuyên môn, năng lực nghiên cứu khoa học, năng lực ứng dụng rất cao. Ngay cả các giáo sư Nhật Bản tại Trường Đại học Tokyo khi tham gia vào giảng dạy cho học viên cũng cùng chung nhận xét này”.
Trong số các học viên tốt nghiệp đợt 2 năm 2020, dự kiến, nhiều học viên sẽ tiếp tục nhận được các học bổng danh giá để học tiếp tiến sĩ tại Nhật Bản hoặc làm việc trong các công ty, doanh nghiệp lớn của Nhật Bản – điều này tiếp tục khẳng định các chương trình đào tạo của Trường đang phát triển đúng hướng và ngày càng đạt hiệu quả cao. Lễ tốt nghiệp và trao bằng thạc sĩ dự kiến tổ chức trong tháng 10 năm 2020.