Hội đồng Trường Đại học Việt Nhật gồm 20 thành viên, trong đó 10 đại diện của phía Việt Nam và 10 đại diện của phía Nhật Bản. Các thành viên của Hội đồng trường do Giám đốc ĐHQGHN bổ nhiệm.
Nhiệm kỳ của Hội đồng trường là 05 năm. Hội đồng trường có các nhiệm vụ và quyền hạn của Hội đồng trường:
- Thông qua chiến lược phát triển và kế hoạch hoạt động trung hạn của Trường để trình Đại học Quốc gia Hà Nội phê duyệt;
- Huy động nguồn lực tài chính từ khu vực tư nhân ở trong và ngoài nước phục vụ xây dựng và phát triển Trường;
- Giám sát việc sử dụng các nguồn lực dành cho Trường; việc triển khai thực hiện các quy chế, quy định quản lý nội bộ quan trọng của Trường; các đề án thành lập, sáp nhập, chia, tách, giải thể các đơn vị trực thuộc Trường;
- Thông qua quy định về tiêu chuẩn, nhiệm vụ, quyền hạn và quyền lợi của Hiệu trưởng, Phó Hiệu trưởng bảo đảm phù hợp với quy định hiện hành của Điều lệ trường đại học và của Đại học Quốc gia Hà Nội;
- Thực hiện việc đánh giá hằng năm kết quả hoàn thành nhiệm vụ của Hiệu trưởng, Phó Hiệu trưởng; kiến nghị Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội bổ nhiệm Hiệu trưởng, Phó Hiệu trưởng.
Hội đồng trường có Ban kiểm soát do Chủ tịch Hội đồng trường thành lập, Ban kiểm soát, có từ 03 đến 05 thành viên, có nhiệm vụ tham mưu, giúp việc Chủ tịch Hội đồng trường giám sát hoạt động của các thành viên Hội đồng trường và Ban giám hiệu trong thực thi nhiệm vụ, quyền hạn được giao.
Chủ tịch PGS. Nguyễn Kim Sơn Giám đốc ĐHQGHN
Phó Chủ tịch GS. Uchida Katsuichi Giáo sư danh dự và Cố vấn cấp cao Đại học Waseda, Nguyên PGĐ Đại học Waseda
Trưởng ban Kiếm soát PGS. Nguyễn Hiệu Trưởng ban Tổ chức cán bộ ĐHQGHN
Thành viên Ông Takebe Tsutomu Cố vấn đặc biệt Liên minh nghị sĩ hữu nghị Nhật - Việt
Thành viên GS. Tô Huy Rứa Hiệu trưởng danh dự, Trường Đại học Việt Nhật
Thành viên GS. Aizawa Masuo Cố vấn Chủ tịch Cơ quan Khoa học và Công nghệ Nhật Bản, Nguyên GĐ Đại học Công nghệ Tokyo
Thành viên GS. Cassim Monte Thành viên kiêm Trợ lý Hội đồng Đại học Ritsumeikan, Nguyên Phó Chủ tịch Hội đồng Đại học Ritsumeikan kiêm Hiệu trưởng Đại học APU
Thành viên Ông Phạm Đình Đoàn Chủ tịch Tập đoàn Phú Thái
Thành viên GS. Nguyễn Đình Đức Trưởng ban Đào tạo ĐHQGHN
Thành viên GS. Vũ Minh Giang Chủ tịch Hội đồng KH&ĐT ĐHQGHN
Thành viên GS. Furuta Motoo Hiệu trưởng Trường Đại học Việt Nhật
Thành viên PGS. Nguyễn Việt Hà Hiệu trưởng Trường Đại học Công nghệ, ĐHQGHN
Thành viên GS. Phan Tuấn Nghĩa Nguyên Phó Hiệu trưởng Trường Đại học KHTN, ĐHQGHN
Thành viên Ông Phạm Đại Dương Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên
Thành viên Ngài Umeda Kunio Đại sứ Đặc mệnh toàn quyền Nhật Bản tại Việt Nam
Thành viên Ông Kazuto Sasaki Vụ trưởng Vụ Quốc tế, Phòng Thương mại và Công nghiệp Nhật Bản
Thành viên Ông Kawaguchi Akira Trưởng ban Hợp tác Quốc tế, Văn phòng Liên đoàn Kinh tế Keidanren Nhật Bản
Thành viên Ông Kitagawa Hironobu Trưởng Đại diện JETRO Hanoi
Thành viên GS. Takeuchi Kazuhiko Giám đốc Cơ quan liên kết nghiên cứu khoa học bền vững Đại học Tokyo, Nguyên PGĐ Đại học Tokyo
Thư ký PGS. Ngô Minh Thủy Phó Hiệu trưởng Trường Đại học Ngoại ngữ, ĐHQGHN